有機認證是有機農產品認證的簡稱。有機認證是一些國家和有關國際組織認可并大力推廣的一種農產品認證形式，也是我國國家認證認可監督管理委員會統一管理的認證形式之一。推行有機產品認證的目的，是推動和加快有機產業的發展，保證有機產品生產和加工的質量，滿足消費者對有機產品日益增長的需求，減少和防止農藥、化肥等農用化學物質和農業廢棄物對環境的污染，促進社會、經濟和環境的持續發展。
1、申請
申請者向中心（分中心）提出正式申請，填寫申請表和交納申請費。申請者填寫有機食品認證申請書，領取檢查合同、有機食品認證調查表、有機食品認證的基本要求、有機認證書面資料清單、申請者承諾書等文件。申請者按《有機食品認證技術準則》要求建立：質量管理體系；生產過程控制體系；追蹤體系。
2、認證中心核定費用預算并制定初步的檢查計劃
認證中心根據申請者提供的項目情況，估算檢查時間，一般需要2次檢查：生產過程一次、加工一次，并據此估算認證費用和制定初步檢查計劃。
3、簽訂認證檢查合同
申請者與認證中心簽訂認證檢查合同，一式三份；
交納估算認證費用的50%；
填寫有關情況調查表并準備相關材料；
指定內部檢查員（生產、加工各至少1人）；
所有材料均使用文件、電子文檔各一份，寄或E-mail給分中心。
4、初審
分中心對申請者材料進行初審；
對申請者進行綜合審查；
分中心將初審意見反饋認證中心；
分中心將申請者提交的電子文檔E-mail至認證中心。
5、實地檢查評估
認證中心在確認申請者交納頒證所需的各項費用；
派出經認證中心認可的檢查員；
檢查員從分中心取得申請者相關資料，依據《有機食品認證技術準則》，對申請者的質量管理體系、生產過程控制體系、追蹤體系以及產地、生產、加工、倉儲、運輸、貿易等進行實地檢查評估，必要時需對土壤、產品取樣檢測。
6、編寫檢查報告
檢查員完成檢查后，按認證中心要求編寫檢查報告；
該報告在檢查完成2周內將文檔、電子文本交認證中心；
分中心將申請者文本資料交認證中心。
7、綜合審查評估意見
認證中心根據申請者提供的調查表、相關材料和檢查員的檢查報告進行綜合審查評估，編制頒證評估表，提出評估意見提交頒證委員會審議。
8、頒證委員會決議
頒證委員會定期召開頒證委員會工作會議，對申請者的基本情況調查表、檢查員的檢查報告和認證中心的評估意見等材料進行全面審查，作出是否頒發有機證書的決定。
9、頒發證書
根據頒證委員會決議，向符合條件的申請者頒發證書。申請者交納認證費剩余部分，認證中心向獲證申請者頒發證書；獲有條件頒證申請者要按認證中心提出的意見進行改進做出書面承諾。
10、有機食品標志的使用
根據證書和《有機食（產）品標志使用章程》的要求，簽訂《有機食（產）品標志使用許可合同》，并辦理有機/有機轉換標志的使用手續。
11、保持認證
有機食品認證證書有效期為1年，在新的年度里，COFCC會向獲證企業發出《保持認證通知》。
獲證企業在收到《保持認證通知》后，應按照要求提交認證材料、與聯系人溝通確定實地檢查時間并及時繳納相關費用。
保持認證的文件審核、實地檢查、綜合評審、頒證決定的程序同初次認證。